依據「新竹市政府組織自治條例」(97年7月1日修正生效)，新竹市政府置市長一人，綜理全市行政，管理所屬機關及員工，指揮監督基層自治事項。並置副市長及秘書 長各一人，承市長之命處理市府重要業務。 另依業務需求設置各局處、所屬機關及學校，各職所司，各盡所能，共同推動都市建設，新竹市政府組織圖如圖1所示。

圖1 新竹市政府組織圖

市府為服務市民辦理政治、經濟、文教及社會等建設相關業務，設置15個處、6個所屬一級機關、18個所屬二級機關、3個區公所及47所市立中小學及幼兒園，合計89個機構，如圖2及表1所示。圖2之公有零售市場實際上為新竹市6個公有之零售市場的統稱。表1所示為市府所屬各級學校，包含3所市立高中，12所市立國中，31所市立小學及1所市立幼兒園。